Pagrindinis Kita Klaidingas atradimų rodiklis

Klaidingas atradimų rodiklis

Apžvalga

Programinė įranga

apibūdinimas

Tinklalapiai

Skaitymai

Kursai

Apžvalga

Šiame puslapyje trumpai aprašomas klaidingų atradimų dažnis (FDR) ir pateikiamas komentuojamų išteklių sąrašas.

apibūdinimas

Analizuojant genominių tyrimų rezultatus, dažnai vienu metu atliekami tūkstančiai hipotezių testų. Tradicinio Bonferroni metodo naudojimas norint ištaisyti kelis palyginimus yra per daug konservatyvus, nes apsisaugojimas nuo klaidingų teigiamų rezultatų sukels daug praleistų radinių. Kad būtų galima nustatyti kuo daugiau reikšmingų palyginimų, tuo pačiu išlaikant žemą klaidingai teigiamą rodiklį, naudojama klaidingo atradimo norma (FDR) ir jos analogas q reikšmė.

Problemos apibrėžimas
Atlikdami hipotezės testus, pavyzdžiui, norėdami sužinoti, ar du vidurkiai yra reikšmingai skirtingi, apskaičiuojame p reikšmę, kuri yra tikimybė gauti bandymo statistiką, kuri yra tokia pati ar kraštutinesnė už stebėtą, darant prielaidą, kad teisinga yra nulinė hipotezė. Pavyzdžiui, jei mūsų p vertė būtų 0,03, tai reikštų, kad jei mūsų nulinė hipotezė yra teisinga, būtų 3% tikimybė gauti mūsų stebimą testo statistiką arba ekstremalesnė. Kadangi tai yra maža tikimybė, mes atmetame nulinę hipotezę ir sakome, kad priemonės labai skiriasi. Paprastai mums patinka išlaikyti šią tikimybę iki 5%. Kai nustatome savo alfa į 0,05, mes sakome, kad norime, kad tikimybė, jog nulinė išvada bus vadinama reikšminga, būtų mažesnė nei 5%. Kitaip tariant, mes norime, kad I tipo klaidos arba klaidingai teigiamos tikimybė būtų mažesnė nei 5%.

Kai atliekame kelis palyginimus (kiekvieną testą pavadinsiu savybe), padidėja klaidingų teigiamų rezultatų tikimybė. Kuo daugiau funkcijų turite, tuo didesnė tikimybė, kad nulinė funkcija bus vadinama reikšminga. Klaidingai teigiamas rodiklis (FPR) arba palyginimo klaidų lygis (PCER) yra tikėtinas klaidingų teigiamų rezultatų skaičius iš visų atliktų hipotezių testų. Taigi, jei mes kontroliuosime FPR esant alfa 0,05, garantuojame, kad klaidingų teigiamų rezultatų (nulinių požymių, vadinamų reikšmingais) procentas iš visų hipotezių testų yra 5% arba mažesnis. Šis metodas kelia problemą, kai atliekame daug hipotezių testų. Pvz., Jei atliktume genomo masto tyrimą, kuriame nagrinėta diferencinė genų ekspresija tarp naviko audinio ir sveiko audinio, ir mes ištyrėme 1000 genų ir kontroliavome FPR, vidutiniškai 50 genų, kurie iš tikrųjų yra nuliniai, bus vadinami reikšmingais. Šis metodas yra per daug liberalus, nes nenorime turėti tiek daug klaidingų teigiamų rezultatų.

Paprastai kelios palyginimo procedūros kontroliuoja klaidų lygį pagal šeimą (FWER), o tai yra tikimybė, kad iš visų atliktų hipotezių testų bus vienas ar daugiau klaidingų teigiamų rezultatų. Dažniausiai naudojama Bonferroni korekcija kontroliuoja FWER. Jei kiekvieną hipotezę patikrinsime reikšmingumo lygiu (alfa / hipotezės testų skaičius), garantuojame, kad tikimybė turėti vieną ar daugiau klaidingų teigiamų rezultatų yra mažesnė nei alfa. Taigi, jei alfa būtų 0,05 ir mes išbandytume savo 1000 genų, kiekvieną p vertę patikrintume reikšmingumo lygyje 0,00005, kad garantuotume, jog tikimybė turėti vieną ar daugiau klaidingų teigiamų rezultatų yra 5% ar mažesnė. Tačiau apsisaugojimas nuo bet kokio klaidingo teigiamo tyrimo gali būti per griežtas atliekant genominius tyrimus ir gali sukelti daug praleistų radinių, ypač jei tikimės, kad bus daug tikrų teigiamų rezultatų.

Klaidingų atradimų rodiklio (FDR) kontrolė yra būdas nustatyti kuo daugiau reikšmingų savybių, tuo pačiu metu gaunant palyginti nedidelę melagingų teigiamų rezultatų dalį.

Veiksmai, kaip kontroliuoti klaidingą atradimo dažnį:

  • FDR kontrolė α * lygyje (t. Y. Kontroliuojamas numatomas melagingų atradimų lygis, padalytas iš bendro atradimų skaičiaus)

E [V⁄R]

  • Apskaičiuokite kiekvieno hipotezės testo ir eiliškumo p reikšmes (nuo mažiausios iki didžiausios, P (min) ……. P (max))

  • Patikrinkite i-ą užsakytą p vertės patikrą, jei tenkinama:

P (i) ≤ α × i / m

Jei tiesa, tai reikšminga

* Apribojimas: jei klaidų lygis (α) labai didelis, tarp reikšmingų rezultatų gali padidėti klaidingų teigiamų rezultatų skaičius

Niujorko miesto universitetai

Klaidingas atradimo rodiklis (FDR)

FDR yra tai, kad reikšmingomis vadinamos funkcijos yra iš tikrųjų niekinės.
FDR = tikėtasi (# klaidingų prognozių / # iš viso prognozių)

FDR yra tai, kad reikšmingomis vadinamos funkcijos yra iš tikrųjų niekinės. 5% FDR reiškia, kad tarp visų reikšmingu vadinamų funkcijų 5% iš jų yra iš tikrųjų niekiniai. Kaip nustatydami alfa kaip p vertės slenkstį FPR valdyti, taip pat galime nustatyti q vertės slenkstį, kuris yra p vertės FDR analogas. Dėl 0,05 p vertės ribos (alfa) gaunama 5% FPR tarp visų iš tikrųjų niekinių funkcijų. Q vertės riba 0,05 suteikia 5% FDR tarp visų reikšmingu vadinamų savybių. Q reikšmė yra laukiama klaidingų teigiamų rezultatų dalis tarp visų požymių, kurie yra ar yra ekstremalesni už pastebėtus.

Tiriant 1000 genų, tarkime, kad geno Y p vertė buvo 0,00005, o q vertė - 0,03. Tikimybė, kad nediferencijuotai išreikšto geno bandymo statistika bus tokia pati ar didesnė, kaip Y geno tyrimo statistika, yra 0,00005. Tačiau Y geno tyrimo statistika gali būti labai ekstremali, ir galbūt ši tyrimo statistika yra mažai tikėtina skirtingai išreikštam genui. Visai gali būti, kad iš tikrųjų yra skirtingai išreikštų genų, kurių bandymų statistika yra ne tokia ekstremali, kaip Y genas. Naudojant q vertę 0,03, galime pasakyti, kad 3% genų yra kaip ekstremalesni (ty genai, kurių p- vertės), nes genas Y yra klaidingai teigiami. Naudodami q reikšmes galime nuspręsti, kiek melagingų teigiamų rezultatų esame pasirengę priimti tarp visų savybių, kurias vadiname reikšmingomis. Tai ypač naudinga, kai norime atlikti daugybę atradimų, kad vėliau būtų galima juos patvirtinti (t. Y. Bandomasis tyrimas arba tiriamosios analizės, pavyzdžiui, jei atlikome genų ekspresijos mikrodalelę, norėdami pasirinkti skirtingai išreikštus genus, kad juos patvirtintume realiuoju laiku atliekant PGR). Tai taip pat naudinga atliekant genominius tyrimus, kur tikimės, kad nemaža dalis funkcijų bus tikrai alternatyvios, ir nenorime riboti savo atradimo galimybių.

FDR turi keletą naudingų savybių. Jei visos nulinės hipotezės yra teisingos (nėra tikrai alternatyvių rezultatų), FDR = FWER. Kai yra keletas tikrai alternatyvių hipotezių, valdant FWER, automatiškai kontroliuojamas ir FDR.

FDR metodo galia (priminkime, kad galia yra tikimybė atmesti nulinę hipotezę, kai teisinga alternatyva) yra vienodai didesnė nei Bonferroni metodai. FDR galios pranašumas, palyginti su Bonferroni metodais, didėja didėjant hipotezių testų skaičiui.

FDR įvertinimas
(Iš Storey ir Tibshirani, 2003)

Apibrėžtys: t: thresholdV: klaidingų teigiamų rezultatų skaičius #: reikšmingų funkcijų, vadinamų reikšmingu, m: # iš tikrųjų nulinių funkcijų # skaičius: bendras hipotezės testų (funkcijų) skaičius
FDR prie tam tikros ribos, t, yra FDR (t). FDR (t) ≈ E [V (t)] / E [S (t)] -> FDR prie tam tikros ribos gali būti įvertintas kaip laukiamas klaidingų teigiamų rezultatų skaičius prie šios ribos, padalytas iš numatomo funkcijų, vadinamų reikšmingomis, # ties ta riba.
Kaip mes vertiname E [S (t)]?
E [S (t)] yra tiesiog S (t), pastebėtų p reikšmių skaičius ≤ t (t. Y. Funkcijų, kurias mes vadiname reikšmingomis ties pasirinkta riba, skaičius). Tikimybė, kad nulinė p reikšmė yra ≤ t, yra t (kai alfa = 0,05, yra 5% tikimybė, kad iš tikrųjų nulinės ypatybės p reikšmė yra atsitiktinai žemesnė už slenkstį ir todėl vadinama reikšminga).
Kaip mes vertiname E [V (t)]?
E [V (t)] = m0 * t -> numatomas klaidingų teigiamų rezultatų skaičius tam tikroje riboje yra lygus iš tikrųjų nulinių požymių skaičiui, tikimybei, kad nulinė ypatybė bus vadinama reikšminga.
Kaip mes vertiname m0?
Tikroji m0 reikšmė nežinoma. Galime įvertinti iš tikrųjų nulinių požymių dalį, m0 / m = π0.
Mes manome, kad nulinių požymių p reikšmės bus tolygiai paskirstytos (turi plokščią pasiskirstymą) tarp [0,1]. Plokščiojo pasiskirstymo aukštis pateikia konservatyvų bendros nulinės p vertės reikšmės π0 vertinimą. Pavyzdžiui, žemiau pateiktas vaizdas, paimtas iš Storey ir Tibshirani (2003), yra 3000 genų, gautų iš genų ekspresijos tyrimo, tankio histograma - 3000 p-reikšmių. Punktyrinė linija rodo plokščios histogramos dalies aukštį. Mes tikimės, kad iš tikrųjų nulinės savybės sudarys šį plokščią pasiskirstymą nuo [0,1], o iš tikrųjų alternatyvios savybės bus arčiau 0.

π0 skaičiuojamas taip, kur lambda yra derinimo parametras (pavyzdžiui, aukščiau esančiame paveikslėlyje galime pasirinkti lambda = 0,5, nes po p reikšmės 0,5 pasiskirstymas yra gana plokščias. Tikrai nulinių savybių dalis lygi p skaičiui vertės, didesnės už lambda, padalytą iš m (1-lambda). Kai lambda artėja prie 0 (kai didžioji paskirstymo dalis yra lygi), vardiklis bus maždaug m, kaip ir skaitiklis, nes dauguma p reikšmių bus didesnės nei lambda, o π0 bus apytiksliai 1 (visos funkcijos yra nulinės).
Lambda pasirinkimą paprastai automatizuoja statistikos programos.

Dabar, kai įvertinome π0, galime įvertinti FDR (t) kaip
Šios lygties skaitiklis yra tikėtinas klaidingų teigiamų rezultatų skaičius, nes π0 * m yra apskaičiuotas iš tikrųjų nulinių hipotezių skaičius, o t - tikimybė, kad iš tikrųjų nulinis požymis bus vadinamas reikšmingu (esant žemiau slenksčio t). Vardiklis, kaip minėjome aukščiau, yra tiesiog reikšmingais vadinamų požymių skaičius.
Tada funkcijos q reikšmė yra mažiausia FDR, kurią galima pasiekti, kai ši funkcija vadinama reikšminga.

(Pastaba: aukščiau pateikti apibrėžimai daro prielaidą, kad m yra labai didelis, taigi S> 0. Kai S = 0, FDR nėra apibrėžtas, taigi statistikos literatūroje kiekis E [V /? S? | S> 0]? * Pr (S> 0) naudojamas kaip FDR. Arba naudojamas teigiamas FDR (pFDR), kuris yra E [V / S? | S> 0]. Žr. Benjamini ir Hochberg (1995) bei Storey ir Tibshirani (2003) Daugiau informacijos.)

Skaitymai

Vadovėliai ir skyriai

Naujausi BIOSTATISTIKOS PAŽANGA (4 tomas):
Klaidingi atradimų rodikliai, išgyvenimo analizė ir susijusios temos
Redagavo Manishas Bhattacharjee (Naujojo Džersio technologijos institutas, JAV), Sunil K Dhar (Naujojo Džersio technologijos institutas, JAV) ir Sundarraman Subramanian (Naujojo Džersio technologijos institutas, JAV).
http://www.worldscibooks.com/lifesci/8010.html
Pirmajame šios knygos skyriuje apžvelgiamos FDR kontrolės procedūros, kurias pasiūlė žinomi šios srities statistikai, ir siūlomas naujas adaptyvus metodas, kuris kontroliuoja FDR, kai p reikšmės yra nepriklausomos arba teigiamai priklausomos.

Intuityvioji biostatistika: nematematinis statistinio mąstymo vadovas
Harvey Motulsky
http://www.amazon.com/Intuitive-Biostatistics-Nonmathematical-Statistical-Thinking/dp/product-description/0199730067
Tai statistikos knyga, parašyta mokslininkams, neturintiems sudėtingo statistinio pagrindo. E dalyje „Statistikos iššūkiai“ nespecialistiškai paaiškinama kelių palyginimų problema ir skirtingi būdai, kaip ją spręsti, įskaitant pagrindinius šeimos klaidų lygio ir FDR aprašymus.

Didelio masto išvada: empiriniai Bayeso metodai vertinimui, testavimui ir prognozavimui
pateikė Efronas, B. (2010). Kembridžo universiteto leidyklos Matematinės statistikos monografijų institutas.
http://www.amazon.com/gp/product/0521192498/ref=as_li_ss_tl?ie=UTF8&tag=chrprobboo-20&linkCode=as2&camp=1789&creative=390957&creativeASIN=0521192498
Šioje knygoje apžvelgiama FDR samprata ir tiriama jos vertė ne tik kaip vertinimo procedūra, bet ir reikšmingumo testavimo objektas. Autorius taip pat pateikia empirinį FDR įverčių tikslumo vertinimą.

Metodiniai straipsniai

Benjamini, Y. ir Y. Hochbergai (1995). Klaidingo atradimo lygio kontrolė: praktiškas ir galingas požiūris į daugkartinį testavimą. Karališkosios statistikos draugijos leidinys. B serija (metodinė) 57 (1): 289-300.
Šis 1995 m. Pranešimas buvo pirmasis oficialus FDR aprašymas. Autoriai matematiškai paaiškina, kaip FDR yra susijęs su šeimos klaidų lygiu (FWER), pateikia paprastą pavyzdį, kaip naudoti FDR, ir atlieka modeliavimo tyrimą, parodantį FDR procedūros galią, palyginti su Bonferroni tipo procedūromis.

Storey, J. D. ir R. Tibshirani (2003). Statistinis reikšmingumas atliekant genominius tyrimus. Nacionalinės mokslų akademijos darbai 100 (16): 9440-9445.
Šiame straipsnyje paaiškinama, kas yra FDR ir kodėl ji yra svarbi atliekant genominius tyrimus, ir paaiškinama, kaip galima įvertinti FDR. Jame pateikiami situacijų, kuriose FDR būtų naudinga, pavyzdžiai ir pateikiamas išsamus pavyzdys, kaip autoriai naudojo FDR analizuodami mikrodalelių diferencinių genų ekspresijos duomenis.

k reiškia klasterinę analizę

Aukštas JD. (2010) Klaidingų atradimų rodikliai. Tarptautinėje statistikos mokslo enciklopedijoje Lovricas M (redaktorius).
Labai geras straipsnis, peržvelgusis FDR valdymą, teigiamą FDR (pFDR) ir priklausomybę. Rekomenduojama gauti supaprastintą FDR ir susijusių metodų apžvalgą keliems palyginimams.

Reiner A, Yekutieli D, Benjamini Y: Skirtingai išreikštų genų nustatymas naudojant klaidingas atradimo greičio kontrolės procedūras. Bioinformatika 2003, 19 (3): 368-375.
Šiame straipsnyje naudojami imituoti „microarray“ duomenys, kad būtų galima palyginti tris pakartotinės atrankos pagrindu atliktas FDR valdymo procedūras su Benjamini-Hochberg procedūra. Pakartotinė bandymų statistikos atranka atliekama taip, kad nebūtų prielaida kiekvieno geno diferencinės išraiškos bandymo statistikos pasiskirstymo.

Verhoeven KJF, Simonsen KL, McIntyre LM: Klaidingo atradimo greičio valdymo įgyvendinimas: padidinkite savo galią. Oikos 2005, 108 (3): 643-647.
Šiame straipsnyje paaiškinama Benjamini-Hochberg procedūra, pateikiamas modeliavimo pavyzdys ir aptariami naujausi pokyčiai FDR srityje, kurie gali suteikti daugiau energijos nei originalus FDR metodas.

Stan Pounds ir Cheng Cheng (2004) Netikrų atradimų skaičiaus įvertinimo gerinimas Bioinformatika, t. 20 Nr. 2004 11, 1737–1745 puslapiai.
Šiame straipsnyje pristatomas metodas, vadinamas atstumu LOESS histograma (SPLOSH). Šis metodas yra siūlomas norint įvertinti sąlyginę FDR (cFDR), numatomą melagingų teigiamų rezultatų dalį, turinčią k „reikšmingų“ radinių.

Daniel Yekutieli, Yoav Benjamini (1998). Netikrų atradimų dažnio atranka pagrįstas pakartotinis atrankos dažnis, kontroliuojantis daugybę koreliacinės bandymų statistikos bandymų procedūrų. Statistikos planavimo ir išvadų leidinys 82 (1999) 171-196.
Šiame dokumente pristatoma nauja FDR kontrolinė procedūra, skirta nagrinėti testų statistiką, kuri yra tarpusavyje susijusi. Šis metodas apima p vertės apskaičiavimą remiantis pakartotiniu mėginių ėmimu. Šio metodo savybės įvertinamos naudojant imitacinį tyrimą.

Yoav Benjamini ir Daniel Yekutieli (2001) Klaidingo atradimo lygio kontrolė atliekant daugkartinį testavimą priklausomybėje. The Annals of Statistics 2001, t. 29, Nr. 4, 1165–1188.
Iš pradžių pasiūlytas FDR metodas buvo naudojamas atliekant daugelio nepriklausomų testų statistikos hipotezių bandymus. Šis straipsnis rodo, kad originalus FDR metodas taip pat kontroliuoja FDR, kai testo statistika turi teigiamą regresijos priklausomybę nuo kiekvienos testo statistikos, atitinkančios tikrąją nulinę hipotezę. Priklausomų tyrimų statistikos pavyzdys galėtų būti daugelio galutinių taškų tarp gydymo ir kontrolinių grupių tyrimas klinikiniame tyrime.

John D. Storey (2003) Teigiamas klaidingų atradimų rodiklis: Bayeso interpretacija ir q vertė The Annals of Statistics 2003, t. 31, Nr. 6, 2013–2035.
Šiame straipsnyje apibrėžiamas teigiamas klaidingų atradimų dažnis (pFDR), kuris yra tikėtinas melagingų teigiamų rezultatų skaičius iš visų bandymų, kurie vadinami reikšmingais, atsižvelgiant į tai, kad yra bent vienas teigiamas radinys. Straipsnyje taip pat pateikiama Bayeso kalba interpretuota pFDR.

Yudi Pawitan, Stefan Michiels, Serge Koscielny, Arief Gusnanto ir Alexander Ploner (2005) Klaidingas atradimų dažnis, jautrumas ir imties dydis atliekant mikrogranulos tyrimus Bioinformatika, t. 21 Nr. 2005 m. 13, 3017–3024 puslapiai.
Šiame straipsnyje aprašomas dviejų mėginių lyginamojo tyrimo imties dydžio apskaičiavimo metodas, pagrįstas FDR kontrole ir jautrumu.

Grant GR, Liu J, Stoeckert CJ Jr. (2005) Praktinis klaidingų atradimų dažnio metodas diferencinės išraiškos mikrodalelių duomenyse nustatymui. Bioinformatika. 2005, 21 (11): 2684-90.
Autoriai aprašo permutacijos vertinimo metodus ir aptaria klausimus, susijusius su tyrėjo pasirinktais statistikos ir duomenų transformavimo metodais. Taip pat nagrinėjama galios optimizacija, susijusi su mikrodalelių duomenų naudojimu.

Jianqing Fan, Frederick L. Moore, Xu Han, Weijie Gu, Klaidingų atradimų proporcijos įvertinimas pagal savavališką kovariantiškumą. J Am Stat asoc. 2012 m. 107 (499): 1019–1035.
Šiame straipsnyje siūlomas ir aprašomas FDR kontrolės metodas, pagrįstas testo statistikos kovariacijos matricos pagrindiniu veiksniu.

Paraiškos straipsniai

Han S, Lee K-M, Park SK, Lee JE, Ahn HS, Shin HY, Kang HJ, Koo HH, Seo JJ, Choi JE ir kt .: Genomo masto vaikų ūminės limfoblastinės leukemijos tyrimas Korėjoje. Leukemijos tyrimai, 2010, 34 (10): 1271-1274.
Tai buvo visos genomo asociacijos (GWAS) tyrimas, tiriantis milijoną pavienių nukleotidų polimorfizmų (SNP), susijusių su vaikystės aktyvia limfoblastine leukemija (ALL). Jie kontroliavo FDR esant 0,2 ir nustatė, kad 6 SNP iš 4 skirtingų genų yra stipriai susiję su VISA rizika.

Pedersen, K. S., Bamlet, W. R., Oberg, A. L., de Andrade, M., Matsumoto, M. E., Tang, H., Thibodeau, S. N., Petersen, G. M. ir Wang, L. (2011). Leukocitų DNR metilinimo parašas išskiria kasos vėžiu sergančius pacientus nuo sveikos kontrolės. „PLoS ONE 6“, e18223.
Šis tyrimas kontroliavo FDR<0.05 when looking for differentially methylated genes between pancreatic adenoma patients and healthy controls to find epigenetic biomarkers of disease.

Daniel W. Lin, Liesel M. Fitz Gerald, Rong Fu, Erika M. Kwon, Siqun Lilly Zheng, Suzanne ir kt. Genetiniai variantai LEPR, CRY1, RNASEL, IL4 ir ARVCF genuose yra specifiniai prostatos vėžio žymenys. Mirtingumas (2011), vėžio epidemiolio biomarkeriai, 2011; 20: 1928-1936. Šis tyrimas ištyrė pasirinktų genų kandidatų skirtumus, susijusius su prostatos vėžio atsiradimu, kad būtų galima patikrinti jo prognostinę vertę tarp didelės rizikos asmenų. FDR buvo naudojamas vieno nukleotido polimorfizmams (SNP) reitinguoti ir nustatyti aukščiausio rango įdomius momentus.

Radom-Aizik S, Zaldivar F, Leu S-Y, Adams GR, Oliver S, Cooper DM: Pratimų poveikis mikroRNR ekspresijai jaunų vyrų periferinio kraujo mononuklearinėse ląstelėse. Klinikiniai ir vertimo mokslai, 2012, 5 (1): 32-38.
Šis tyrimas ištyrė mikroRNR išraiškos pokytį prieš ir po fizinio krūvio, naudojant mikrodalelę. Jie naudojo Benjamini-Hochberg procedūrą FDR kontrolei esant 0,05, ir nustatė, kad 34 iš 236 mikroRNR yra skirtingai ekspresuojamos. Tada tyrėjai iš šių 34 atrinko mikroRNR, kurias reikia patvirtinti realiuoju laiku atliekant PGR.

Tinklalapiai

R statistinis paketas
http://genomine.org/qvalue/results.html
Anotuotas R kodas, naudojamas analizuoti Storey ir Tibshirani (2003) dokumento duomenis, įskaitant nuorodą į duomenų bylą. Šis kodas gali būti pritaikytas dirbti su bet kokiais masyvo duomenimis.

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/qvalue.html
q vertės paketas R

http://journal.r-project.org/archive/2009-1/RJournal_2009-1.pdf

„Journal R Project“ yra recenzuojamas, atviros prieigos R statistikos skaičiavimo fondo leidinys. Šiame tome pateikiamas Megan Orr ir Peng Liu straipsnis „Imties dydžio įvertinimas kontroliuojant melagingų„ Microarray “eksperimentų aptikimo rodiklius“. Pateikiamos konkrečios funkcijos ir išsamūs pavyzdžiai.

http://strimmerlab.org/notes/fdr.html
Šioje svetainėje pateikiamas R programinės įrangos, skirtos FDR analizei, sąrašas su nuorodomis į jų pagrindinius puslapius, kuriuose aprašomos paketo funkcijos.

SAS
http://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63347/HTML/default/viewer.htm#statug_multtest_sect001.htm
PROC MULTTEST SAS aprašymas, kuriame pateikiamos galimybės FDR valdyti naudojant skirtingus metodus.

VALSTYBĖ
http://www.stata-journal.com/article.html?article=st0209
Pateikiamos STATA komandos, skirtos apskaičiuoti q vertes daugkartinėms bandymo procedūroms (apskaičiuoti FDR pakoreguotas q reikšmes).

FDR_bendrieji interneto ištekliai
http://www.math.tau.ac.il/~ybenja/fdr/index.htm
Svetainė, kurią valdo Tel Avivo universiteto statistikai, kurie pirmą kartą oficialiai pristatė FDR.

http://www.math.tau.ac.il/~ybenja/
Šioje FDR svetainėje yra daugybė nuorodų. Paskaitą apie FDR galima peržiūrėti.

http://www.cbil.upenn.edu/PaGE/fdr.html
Gražus, glaustas FDR paaiškinimas. Pateikiama naudinga žvilgsnio santrauka su pavyzdžiu.

http://www.rowett.ac.uk/~gwh/False-positives-and-the-qvalue.pdf
Trumpa klaidingų teigiamų rezultatų ir q reikšmių apžvalga.

Kursai

Christopherio R. Genovese'o statistikos departamento Carnegie Mellon universiteto mokymas apie melagingų atradimų kontrolę.
Šis „powerpoint“ yra labai išsami pamoka tiems, kurie nori sužinoti matematinius FDR pagrindus ir FDR variantus.

Vašingtono universiteto Genomo mokslų katedros Joshua Akey daugkartinis testavimas.
Šis „powerpoint“ suteikia labai intuityvų supratimą apie kelis palyginimus ir FDR. Ši paskaita yra gera tiems, kurie nori paprasto FDR supratimo be daug matematikos.

Vietos melagingo atradimo rodiklio nustatymas nustatant diferencialinę išraišką tarp dviejų klasių.
Kvinslando universiteto (Australija) profesoriaus Geoffrey MacLachlano pranešimas.
www.youtube.com/watch?v=J4wn9_LGPcY
Ši vaizdo paskaita buvo naudinga norint sužinoti apie vietinę FDR, o tai yra tikimybė, kad konkreti hipotezė bus teisinga, atsižvelgiant į jos konkrečią testo statistiką ar p reikšmę.

Klaidingos atradimų dažnio kontrolės procedūros atliekant atskirus bandymus
Statistikos ir operacijų tyrimų katedros profesorės Ruth Heller pranešimas. Tel Avivo universitetas
http://www.youtube.com/watch?v=IGjElkd4eS8
Ši vaizdo paskaita buvo naudinga norint sužinoti apie FDR valdymo taikymą atskiriems duomenims. Aptariamos kelios sustiprintos ir sumažintos FDR valdymo procedūros, kai sprendžiami atskiri duomenys. Apžvelgiamos alternatyvos, kurios galiausiai padeda padidinti galią.

Įdomios Straipsniai

Redaktoriaus Pasirinkimas

M.A. Biotechnologijų programa
M.A. Biotechnologijų programa
Buki produktai yra populiaresni tose valstybėse, kur marihuana yra legali
Buki produktai yra populiaresni tose valstybėse, kur marihuana yra legali
Kolumbijos universiteto Mailmano visuomenės sveikatos mokyklos tyrinėtojų atliktas tyrimas rodo, kad cigarečių rinkoje, kur rekreacinė marihuana, palyginti su nacionaliniu mastu, vyrauja cigarai, dažniausiai naudojami bukams ištuštinti - tuščiaviduriai cigarai, užpildyti marihuana ir rūkyti. Išvados, kurios galėtų padėti nukreipti tabako prevencijos pastangas, skelbiamos internete
Reabilitacijos ir regeneracinės medicinos katedra
Reabilitacijos ir regeneracinės medicinos katedra
Kas yra petys? Pečius sudaro keli sluoksniai, įskaitant šiuos: Kaulai. Raktikaulis (raktikaulis), mentė (mentė) ir žasto žasto kaulas (žastikaulis). Sąnariai. Palengvinkite judėjimą, įskaitant šiuos dalykus: Sternoclavicular sąnarys (kai raktikaulis susitinka su krūtinkauliu) Acromioclavicular (AC) sąnarys (kai raktikaulis susitinka su acromion)
Jamalas Greene
Jamalas Greene
Jamalas Greene yra konstitucinės teisės ekspertas, kurio stipendija skiriama teisinių ir konstitucinių argumentų struktūrai. Jis dėsto konstitucinę teisę, lyginamąją konstitucinę teisę, politinio proceso teisę, pirmąją pataisą ir federalinius teismus. Greene yra knygos „Kaip neteisingos teisės: kodėl mūsų įsibrovimas su teisėmis drasko Ameriką“ autorius (HMH, 2021 m. Kovo mėn.). Jis taip pat yra daugybės teisės apžvalgos straipsnių autorius ir išsamiai parašė apie Aukščiausiąjį Teismą, konstitucinių teisių sprendimą ir konstitucinę originalizmo teoriją, įskaitant teises kaip kozirius? (Harvardo teisės apžvalgos pratarmė 2017–2018 m. Aukščiausiojo Teismo kadencijai), „Taisyklių originalumas“ („Columbia Law Review“, 2016 m.) Ir „The Anticanon“ (Harvardo teisės apžvalga, 2011 m.), Nagrinėjant Aukščiausiojo Teismo bylas, dabar svarstomi silpnos konstitucinės analizės pavyzdžiai, tokie kaip Dredas Scottas prieš Sandfordą ir Plessy prieš Fergusoną. 2018–2019 mokslo metais Greene dirbo vyresniuoju kviestiniu mokslininku Kolumbijos universiteto Riterio pirmojo pakeitimo institute, kur užsakė ir prižiūrėjo naujus mokslinius tyrimus, susijusius su žodžio laisve ir naujomis komunikacijos platformomis. Jis buvo kviestinis profesorius Harvardo teisės mokykloje ir dirbo Kolumbijos įstatymų prodekanu intelektiniam gyvenimui. Šiuo metu jis yra priežiūros tarybos, nepriklausomos įstaigos, įsteigtos peržiūrėti sprendimus dėl turinio moderavimo „Facebook“ ir „Instagram“, pirmininkas. Greene yra paklausiausias žiniasklaidos komentatorius Aukščiausiajam Teismui ir konstitucinei teisei. Jo straipsniai pasirodė „The New York Times“, „Slate“, „New York Daily News“ ir „The Los Angeles Times“. 2019 m. Jis dirbo senatoriumi Kamala Harris (D-Ca) padėjėju per Senato patvirtinamuosius teisingumo Bretto Kavanaugh klausymus. Prieš mokydamasis teisininko, jis buvo „Sports Illustrated“ beisbolo reporteris. Prieš pradėdamas dirbti Kolumbijos teisėje 2008 m., Greene'as buvo Aleksandro bendradarbis Niujorko universiteto Teisės mokykloje. Jis dirbo teisėju Guido Calabresi 2-ajame JAV apygardos apeliaciniame teisme ir teisėjui Johnui Paului Stevensui JAV Aukščiausiajame teisme. Jis yra Amerikos teisės instituto narys ir yra Amerikos konstitucijos draugijos akademinių patarėjų taryboje.
Virtuali pasakojamoji medicina baigiasi vasario mėnesį su André Acimanu
Virtuali pasakojamoji medicina baigiasi vasario mėnesį su André Acimanu
Homo Irrealis: Esė: „Pokalbis su rašytoju André Acimanu apie jo naują knygą, skirtą mūsų vasario pasakojimo medicinos raundams, sveikiname rašytoją André ...
Reabilitacijos ir regeneracinės medicinos katedra
Reabilitacijos ir regeneracinės medicinos katedra
Niujorko-Presbiteriono / Kolumbijos / Kornelio reabilitacijos departamentas yra Niujorke Nr. 2.
Kodėl tiek daug paauglių suserga LPL?
Kodėl tiek daug paauglių suserga LPL?
Neseniai paauglių sveikatos simpoziumo visuomenės sveikatos ekspertų teigimu, lytiniu keliu plintančių ligų dažnis auga, o jauniems žmonėms, ypač paaugliams, yra didžiausia rizika susirgti bet kurios amžiaus grupės lytiniu keliu plintančia infekcija. Daugiau nei 170 gydytojų dalyvavo renginys, kurį organizavo Niujorko STD prevencijos mokymo centras Kolumbijoje